A doença ainda é de difícil diagnóstico durante as consultas com o ginecologista, já que não é possível identificá-la apenas no exame físico. Por esse motivo, dois métodos podem ser realizados por mulheres que desconfiam que têm endometriose. São eles: ultrassonografia transvaginal, que possui menor custo, e ressonância magnética, exame que identifica de forma mais clara a descamação irregular do endométrio.